בשנת 1943 קבעה עיריית תל אביב פרס על שמו: פרס טשרניחובסקי לתרגומי מופת. טשרניחובסקי השתתף בעריכת תקנון הפרס ונכח בחלוקתו הראשונה.

על שמו נקרא בית הסופר בתל אביב, מרכז אגודת הסופרים העבריים בארץ ישראל. כמו כן נקראים על שמו רחובות ביישובים רבים בארץ, וכן בתי ספר ביישובים.

טשרניחובסקי נבחר, ביחד עם לאה גולדברג, נתן אלתרמן ורחל המשוררת, להתנוסס על גבי השטרות החדשים של מדינת ישראל, והוא עתיד להופיע החל מ-2014 על שטר של 50 שקלים חדשים.